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| 序號 | 院系所代碼 | 院系所名稱 | 所在地 | 備注 |
| 1 | 001 | 基礎醫(yī)學院（一） | 校本部 | |
| 2 | 002 | 基礎醫(yī)學院（二） | 校本部 | 基礎醫(yī)學（理學） |
| 3 | 003 | 生命科學學院 | 校本部 | 含上海交通大學Bio-X研究院 |
| 4 | 004 | 公共衛(wèi)生學院 | 校本部 | 含生物醫(yī)學研究所 |
| 5 | 005 | 衛(wèi)生管理學院 | 校本部 | |
| 6 | 006 | 口腔醫(yī)學院（附屬口腔醫(yī)院） | 校本部 | |
| 7 | 007 | 臨床藥理研究所 | 校本部 | |
| 8 | 008 | 藥學院 | 校本部 | |
| 9 | 009 | 人文社會科學學院 | 校本部 | |
| 10 | 010 | 醫(yī)學心理學系 | 校本部 | 含合肥四院、杭州七院、深圳康寧醫(yī)院 |
| 11 | 011 | 護理學院 | 校本部 | |
| 12 | 012 | 第一臨床醫(yī)學院（第一附屬醫(yī)院） | 合肥市 | |
| 13 | 013 | 第二臨床醫(yī)學院（第二附屬醫(yī)院） | 合肥市 | |
| 14 | 014 | 第四臨床醫(yī)學院（第四附屬醫(yī)院） | 合肥市 | |
| 15 | 015 | 巢湖臨床醫(yī)學院（附屬巢湖醫(yī)院） | 合肥市巢湖市 | |
| 16 | 016 | 省立臨床學院（附屬省立醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 17 | 017 | 第三附屬醫(yī)院（合肥市第一人民醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 18 | 018 | 附屬合肥醫(yī)院（合肥市第二人民醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 19 | 019 | 解放軍臨床學院（解放軍105醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 20 | 020 | 兒科臨床學院（省兒童醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 21 | 022 | 婦幼保健臨床學院（省婦幼保健院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 22 | 023 | 附屬安慶醫(yī)院（安慶市立醫(yī)院） | 安慶市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 23 | 024 | 附屬六安醫(yī)院（六安市人民醫(yī)院） | 六安市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 24 | 025 | 滁州臨床學院（滁州市第一人民醫(yī)院） | 滁州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 25 | 026 | 阜陽臨床學院（阜陽市人民醫(yī)院） | 阜陽市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 26 | 027 | 阜陽傳染病臨床學院（阜陽市第二人民醫(yī)院） | 阜陽市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 27 | 028 | 附屬宿州醫(yī)院（宿州市立醫(yī)院） | 宿州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 28 | 029 | 池州臨床學院（池州市人民醫(yī)院） | 池州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 29 | 031 | 杭州臨床學院（杭州市第三人民醫(yī)院） | 杭州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 30 | 032 | 解放軍杭州臨床學院（南京軍區(qū)杭州療養(yǎng)院） | 杭州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 31 | 033 | 解放軍九八臨床學院（解放軍九八醫(yī)院） | 湖州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 32 | 034 | 軍事醫(yī)學科學院放射與輻射醫(yī)學研究所 | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 33 | 035 | 軍事醫(yī)學科學院基礎醫(yī)學研究所 | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 34 | 036 | 軍事醫(yī)學科學院微生物流行病研究所 | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 35 | 037 | 解放軍306臨床學院（解放軍306醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 36 | 038 | 解放軍307臨床學院（解放軍307醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 37 | 039 | 空軍臨床學院（解放軍空軍總醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 38 | 040 | 海軍臨床學院（解放軍海軍總醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 39 | 041 | 北京軍區(qū)總醫(yī)院臨床學院（北京軍區(qū)總醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 40 | 042 | 武警總醫(yī)院臨床學院（武警總醫(yī)院） | 北京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 41 | 043 | 上海皮膚病臨床學院（上海市皮膚病醫(yī)院） | 上海市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 42 | 044 | 上海普陀臨床學院（上海市普陀區(qū)人民醫(yī)院） | 上海市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 43 | 045 | 解放軍八一臨床學院（解放軍八一醫(yī)院） | 南京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 44 | 046 | 無錫臨床學院（解放軍101醫(yī)院） | 無錫市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 45 | 047 | 新疆臨床學院（新疆自治區(qū)人民醫(yī)院） | 烏魯木齊市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 46 | 048 | 解放軍174臨床學院（解放軍174醫(yī)院） | 廈門市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 47 | 049 | 北大深圳醫(yī)院臨床學院（北京大學深圳醫(yī)院） | 深圳市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 48 | 050 | 深圳二院臨床學院（深圳市第二人民醫(yī)院） | 深圳市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 49 | 051 | 上海臨床學院（上海市第十人民醫(yī)院） | 上海市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 50 | 052 | 海南皮膚病臨床學院（海南省皮膚病醫(yī)院） | ?？谑?/TD> | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 51 | 053 | 廣東皮膚病臨床學院（廣東省皮膚病醫(yī)院） | 廣州市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 52 | 054 | 濟寧臨床學院（濟寧市第一人民醫(yī)院） | 濟寧市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 53 | 056 | 馬鞍山臨床學院（馬鞍山市人民醫(yī)院） | 馬鞍山市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 54 | 057 | 解放軍113臨床學院（解放軍第113醫(yī)院） | 寧波市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 55 | 060 | 合肥第三臨床學院（合肥市第三人民醫(yī)院） | 合肥市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 56 | 061 | 解放軍454臨床學院（解放軍454醫(yī)院） | 南京市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
| 57 | 062 | 上海普陀中心臨床學院（普陀區(qū)中心醫(yī)院） | 上海市 | 非直屬培養(yǎng)單位 |
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