(一)直接涂片顯微鏡檢查

自病人標(biāo)本直接涂片作染色鏡檢是簡便而快速的方法之一。自一定部位采集標(biāo)本作直接檢查需考慮細(xì)菌的形態(tài)特征與可能存在的細(xì)菌數(shù)量。腦膜炎患者的腦脊液和瘀斑刺破涂片，?？娠@示在細(xì)胞內(nèi)的革蘭氏陰性腎形雙球菌，有診斷價值。白喉患者咽部假膜涂片中可見典型的桿菌有時可有異染顆粒，也有參考診斷價值。結(jié)核患者痰直接或濃集后，涂片抗酸染色檢出結(jié)核桿菌有診斷價值。在少數(shù)情況下，也有利用免疫熒光或酶標(biāo)記抗體染色鏡檢方法進(jìn)行快速診斷，如糞例中的霍亂弧菌、痢疾桿菌等，可用這種技術(shù)檢出。

(二)培養(yǎng)

大多數(shù)病菌的形態(tài)與染色并無特征，因此需用培養(yǎng)方法來分離與鑒定細(xì)菌。雖然這一方法需要的時間較長，但比較可靠。此外，只有通過這一方法才能獲得細(xì)菌的純培養(yǎng)，可用于做藥敏試驗或毒力試驗。應(yīng)根據(jù)不同細(xì)菌需要的營養(yǎng)、生長條件(如厭氧或CO2)、菌落生長特征來初步識別細(xì)菌。如溶血性鏈球菌需在血瓊脂平板上生長，菌落小而透明，菌落周圍有完全溶血圈，可資鑒別。多數(shù)細(xì)菌欲確定為何種病原菌尚需進(jìn)一步獲得純培養(yǎng)及接種各種特殊培養(yǎng)基進(jìn)行生化反應(yīng)試驗或確定其抗原性與致病力等。

(三)生化反應(yīng)

細(xì)菌的合成與分解代謝過程中，能通過酶利用一些物質(zhì)或分解一些物質(zhì)。不同的細(xì)菌具有不同的酶，因此各種細(xì)菌能夠利用與分解的物質(zhì)也各不相同。利用各種細(xì)菌的不同生化反應(yīng)幫助鑒別細(xì)菌在某些細(xì)菌如腸道桿菌中是很重要的步驟。例如腸道桿菌均為革蘭氏陰性桿菌。菌落形態(tài)亦相似，但對于糖的發(fā)酵結(jié)果不同，因此可利用不同種糖作為培養(yǎng)基質(zhì)進(jìn)行生化反應(yīng)予以區(qū)別。

(四)抗原檢測與分析

有些細(xì)菌即使用生化反應(yīng)變難區(qū)別，但其細(xì)菌抗原成份(包括菌體抗原、鞭毛抗原)卻不同。利用已知的特異抗體測定有無相應(yīng)的細(xì)菌抗原可以確定菌種或菌型。常用的方法為玻片凝集反應(yīng)，用已知的特異免疫血清與待鑒定的細(xì)菌在玻片上做凝集反應(yīng)，如出現(xiàn)凝集菌團(tuán)則為陽性，說明該菌有相應(yīng)的特異抗原。近年采用了各種檢測抗原的敏感方法，如對流免疫電泳、放射免疫、酶免疫、氣相色譜等方法，試圖直接從患者標(biāo)本中檢測細(xì)菌抗原作快速診斷。如果在細(xì)菌性腦膜炎中，利用對流免疫電泳在腦脊液中可分別檢測肺炎球菌、腦膜炎球菌及流感桿菌，特異性高，敏感性亦高。氣相色譜方法系列利用細(xì)菌代謝產(chǎn)生的揮發(fā)性短鏈有機(jī)酸，進(jìn)行氣相色譜分析可鑒別細(xì)菌，這在厭氧菌中應(yīng)用很廣。檢測抗原的另一優(yōu)點為在應(yīng)用了抗生素治療后，細(xì)菌生長被抑制，利用培養(yǎng)方法不能檢出的細(xì)菌，因尚有抗原存在，在短期內(nèi)仍可被檢出，從而有助于明確病因。個別情況下還可利用噬菌體對細(xì)菌抗原型別分析，用于流行病學(xué)追蹤調(diào)查。

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