甘肅中醫(yī)學(xué)院藥學(xué)系始建于1985年。經(jīng)過近三十年的建設(shè)，由最初的“中藥學(xué)”?？茖I(yè)發(fā)展為中藥學(xué)、藥物制劑、中草藥栽培與鑒定三個本科專業(yè)，其中“中草藥栽培與鑒定”專業(yè)為全國首次申報的教育部目錄外專業(yè)，并于2008年成為國家特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)；2011年7月“藥物制劑”專業(yè)又成為甘肅省高等學(xué)校特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)。中藥學(xué)一級學(xué)科2004年批準(zhǔn)為碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)，2009年2月列為博士學(xué)位授權(quán)建設(shè)學(xué)科，2010年12月國家教育部批準(zhǔn)新增中藥學(xué)一級學(xué)科為專業(yè)碩士學(xué)位培養(yǎng)單位。

藥學(xué)系現(xiàn)有中藥學(xué)教研室、藥理學(xué)教研室、中藥炮制學(xué)教研室、中藥藥劑學(xué)教研室、中藥化學(xué)教研室、中藥鑒定學(xué)教研室、中藥資源學(xué)教研室、藥用植物栽培8個教研室和藥學(xué)、生藥學(xué)2個綜合實(shí)驗(yàn)室?！爸兴庤b定學(xué)”為國家中醫(yī)藥管理局重點(diǎn)學(xué)科?！爸兴庤b定學(xué)”、“中藥化學(xué)”為院級重點(diǎn)學(xué)科?！爸兴帉W(xué)” 、“中藥化學(xué)”、“中藥鑒定學(xué)”為省級精品課程，“藥用植物學(xué)”、 “藥用植物栽培學(xué)”、“中藥藥劑學(xué)”、“中藥藥理學(xué)”為院級精品課程。

藥學(xué)系擁有一支梯隊合理、教學(xué)經(jīng)驗(yàn)豐富的高素質(zhì)的師資隊伍，碩士及以上學(xué)歷教師達(dá)到65％以上，為高質(zhì)量的人才培養(yǎng)提供了有力保障。

藥學(xué)系將會進(jìn)一步加大改革力度，提高教育教學(xué)質(zhì)量，不斷培養(yǎng)適應(yīng)社會需求的高水平專業(yè)人才。

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