化學生物學與藥學院成立于2004年2月25日。2004年3月12日揭牌。

學院在化學生物學與藥學院的牌子下履行本科生和研究生教學功能，在首都醫(yī)科大學藥物研究所的牌子下履行新藥研究功能。啟動了一支隊伍兩種功能的運作模式。

按照現(xiàn)代藥學的學科規(guī)范，學院設立了藥物化學系、新藥藥理學系、藥劑學系、化學生物學系、天然藥物學系、臨床藥學系和藥學實驗教學中心。其中藥物化學學科、新藥藥理學科是北京市重點學科，藥劑學學科、藥物分析學學科是北京市重點建設學科，藥學實驗教學中心是北京市實驗教學示范中心。

建設一支素質(zhì)好的師資隊伍既是學院的近期目標，又是學院的長期目標。師資隊伍建設統(tǒng)籌考慮人品、學術、學位、年齡和學科五個因素，按照研究教學型藥學院的發(fā)展思路，學院教職員將控制在90人以內(nèi)，學院現(xiàn)有教職員52人，其中正高級職稱9人，占總人數(shù)的17.3%；副高級職稱13人，占總人數(shù)的25%；博士生導師5人，占總人數(shù)的9.6%；碩士生導師15人，占總人數(shù)的28.8%；36人具有博士學位，占總人數(shù)的69.2%。

目前學院在讀本科生、碩士研究生、博士研究生總計300余人，按照研究教學型學院的發(fā)展思路，我院的本科教育主要為制藥企業(yè)和社會藥房培養(yǎng)普通職員、為大學和研究院所輸送碩士研究生。碩士生教育主要為制藥企業(yè)培養(yǎng)中級職員、為大學和研究院所輸送博士研究生。2011年以來，學院本科生、研究生就業(yè)率均為100%，連續(xù)三年被評為學校就業(yè)工作先進集體。

化學生物學與藥學院在學校的統(tǒng)一規(guī)劃下采用了醫(yī)學+生物學+化學的辦學模式，在理科性、應用性和職業(yè)性一體化的辦學理念的指導下，學院以系為建制進行學科融合，按一級學科設課的寬口徑培養(yǎng)，實施低年級學生導師制，在強調(diào)基礎性、綜合性、設計性和先進性的前提下，培養(yǎng)創(chuàng)新能力。使畢業(yè)生在就業(yè)競爭中處于領先位置，為今后持續(xù)發(fā)展打好基礎。特色的辦學理念使學院畢業(yè)生在就業(yè)競爭中處于領先位置，并為今后持續(xù)發(fā)展打好基礎，多年來就業(yè)率均達100%，近一半的本科生成功考研，選擇繼續(xù)深造。獲北京市教育教學成果二等獎1項。

建設一流學科是創(chuàng)建一流化學生物學與藥學院的基石。學院在學科建設中采取重點發(fā)展以優(yōu)勢學科帶頭人為支撐的優(yōu)勢學科、優(yōu)先扶持新興學科的學科建設策略。著力在國外知名雜志上發(fā)表學術論文及申請國家發(fā)明專利，是學院科研的主導思路。2004年至2013年獲國家973項目1項，“十一五”重大新藥創(chuàng)制子課題2項，參與“十二五”重大新藥創(chuàng)制1項，國家自然科學基金32項，北京市自然科學基金17項，共發(fā)表國際SCI論文155篇（4篇被選為封面文章），申請發(fā)明專利249項（授權121項），獲北京市科學技術進步二等獎1項。2004年至今，學院的人均科研產(chǎn)出一直排在學校的第1位。建立了“多肽及小分子藥物”北京市重點實驗室，獲批建設教育部“內(nèi)源式預防藥物教育部工程研究中心”。

目前，學院正著力構建科學目標與產(chǎn)品目標兼顧、中西藥研究并重、基礎研究與應用研究有機結合的科研格局。今后將重點針對心腦血管疾病、腫瘤及老年性疾病等三大疾病，大力發(fā)展新藥研究體系。

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