云南農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)學(xué)院是2002年12月經(jīng)云南省人民政府批準(zhǔn)，由原云南省農(nóng)業(yè)學(xué)校和云南省畜牧獸醫(yī)合并組建而成。具有高等學(xué)歷教育資格的公辦全日制普通高等院校，面向全國(guó)招生。學(xué)院辦學(xué)歷史悠久，始建于清光緒三十年（公元1940年）的云南蠶桑學(xué)堂（昆明翠湖講武堂旁），首開(kāi)云南職業(yè)教育之先河。

光緒33年（公元1907年）與擬辦的森林學(xué)堂合并為省會(huì)中等農(nóng)業(yè)學(xué)堂，學(xué)校遷址貢院（今云南大學(xué)）。宣統(tǒng)3年（公元1911年）改名為省會(huì)中等農(nóng)業(yè)學(xué)校。1931年改名為省立甲種農(nóng)業(yè)學(xué)校。1923年將農(nóng)業(yè)并入省立高級(jí)中學(xué)。1930年改稱為省立第一農(nóng)業(yè)學(xué)校。1934年改為省立昆華高級(jí)農(nóng)業(yè)職業(yè)學(xué)校。1937年學(xué)校遷址大西門(mén)外文昌宮（現(xiàn)學(xué)院茭菱校區(qū)）。

學(xué)校從光緒30年（公元1940年）至1949年共招收學(xué)生73個(gè)班，其中：農(nóng)科21個(gè)班、林科6個(gè)班、蠶桑科11個(gè)班、染織科2個(gè)班、女子蠶?？?個(gè)班、農(nóng)林蠶講習(xí)科6個(gè)班、畜牧獸醫(yī)科1個(gè)班，高中農(nóng)科5個(gè)班、林科3個(gè)班、農(nóng)業(yè)推廣科1個(gè)班、鄉(xiāng)村師范2個(gè)班。

1950年3月昆華農(nóng)校由云南省人民政府接管，改名 為昆明農(nóng)業(yè)技術(shù)學(xué)院。1954年農(nóng)林科師生分出成立昆明林校。1956年水科師生分出成立昆明水校。為創(chuàng)辦地州農(nóng)校，1958年將動(dòng)物飼養(yǎng)、專業(yè)師分到官渡區(qū)小哨，在此基礎(chǔ)上成立云南省畜牧獸醫(yī)學(xué)校。11月將植保、園藝、農(nóng)學(xué)專業(yè)學(xué)生200多人、教工30多人下放到文山，成立文山農(nóng)校；將植保、農(nóng)學(xué)專業(yè)學(xué)生200多人，教職工近30人下放到臨滄，成立臨滄農(nóng)校。1958年底昆明農(nóng)業(yè)技術(shù)學(xué)院停辦。1962年，省政府決定恢復(fù)并定名為云南省農(nóng)業(yè)學(xué)校。1969年至1978年因“文革”停辦十年。

1979年恢復(fù)辦學(xué)，經(jīng)過(guò)二十多年的改革開(kāi)放，學(xué)校得到了蓬勃發(fā)展。1988年被農(nóng)業(yè)部評(píng)為“校外三結(jié)合基地建設(shè)先進(jìn)單位”，1991年被農(nóng)業(yè)部評(píng)為“全國(guó)農(nóng)業(yè)中專A等三級(jí)學(xué)?！?，1993年被云南省人民政府認(rèn)定為“?。ú浚┘?jí)重點(diǎn)中專學(xué)校”，1994年被農(nóng)業(yè)部評(píng)為“中等教育改革先進(jìn)單位”，1999年被農(nóng)業(yè)部列為“農(nóng)業(yè)職業(yè)技術(shù)教育培訓(xùn)示范基地”，連續(xù)多年為昆明市人民政府評(píng)為“文明單位”。為云南省農(nóng)業(yè)戰(zhàn)線輸送了一大批中等專業(yè)技術(shù)人才，復(fù)校后至2003年7月，共培養(yǎng)畢業(yè)生4810人，為云南的“三農(nóng)”建設(shè)做出了重要的貢獻(xiàn)。

云南省畜牧獸醫(yī)學(xué)校是在云南省農(nóng)業(yè)學(xué)校相關(guān)專業(yè)的基礎(chǔ)上創(chuàng)建發(fā)展的。1958年4月，云南省農(nóng)業(yè)學(xué)校的動(dòng)物飼養(yǎng)專業(yè)、獸醫(yī)專業(yè)的學(xué)生和相關(guān)老師，被調(diào)離到昆明市官渡區(qū)小哨花莊河畔，創(chuàng)建云南省畜牧獸醫(yī)學(xué)校。全校師生自力更生、艱苦創(chuàng)校。1968年至1977年學(xué)校因“文革”停辦十年。